L’attaquant polonais, âgé de 33 ans, a réussi une reprise de volée à trois minutes de la fin alors que le Bayern battait Wolfsburg 4-0 à l’Allianz Arena.
Muller a inscrit 42 buts en Bundesliga en un an depuis 1972.
Cette victoire place le Bayern à neuf points du Borussia Dortmund en tête du classement.
Lewandowski avait déjà battu l’un des records de l’ancien attaquant du Bayern Munich Muller en championnat de 49 ans en mai après avoir marqué à la dernière minute de la saison pour marquer son 41e but de la campagne 2020-21.
Le milieu de terrain Thomas Muller, qui célébrait sa 400e apparition dans l’élite allemande, a ouvert le score à la septe minute avant de donner à Dayot Upamecano une tête en seconde période pour doubler l’avance du Bayern.
Leroy Sane a ajouté au score deux minutes plus tard avec un tir enroulé dans le coin supérieur pour mettre le jeu au-delà de Wolfsburg, 12e.
À la 87e minute, Lewandowski, qui a raté le Ballon d’Or à l’attaquant du Paris St-Germain Lionel Messi en novembre, a de nouveau écrit son nom dans les livres d’histoire en tirant à bout portant devant le gardien Koen Casteels.